[内閣]
| 内閣官房 | Cabinet Secretariat |
| 内閣法制局 | Cabinet Legislation Bureau |
| 人事院 | National Personnel Authority |
| 内閣法制局 | Cabinet Legislation Bureau |
| 内閣府 | Cabinet Office |
| - 宮内庁 | Imperial Household Agency |
| - 国家公安委員会 | National Public Safety Commission |
| - - 警察庁 | National Police Agency |
| - 防衛庁 | Japan Defense Agency |
| - - 統合幕僚会議 | Joint Staff Council |
| - - 陸上自衛隊 | Ground Self-Defense Force |
| - - - 少年工科学校 | Youth Technical School |
| - - 航空自衛隊 | Japan Air Self-Defense Force |
| - - 海上自衛隊 | Japan Maritime Self-Defense Force |
| - - 補給統制本部 | Ground Materiel Control Command |
| - - 中央会計隊 | Central Finance Command |
| - - 防衛庁技術研究本部 | Technical Research and Development Institute |
| - - 防衛研究所 | National Institute for Defense Studies |
| - - 防衛大学校 | National Defense Academy in Japan |
| - - 防衛医科大学校 | National Defense Medical College |
| - 金融庁 | Financial Services Agency |
| - 消費者庁 | Consumer Affairs Agency |
| - 政府広報オンライン | -- |
| - 首相官邸 | Prime Minister of Japan and His Cabinet |
| 総務省 | Ministry of Public Management, Home Affairs, Posts and Communications |
| - 公正取引委員会 | Fair Trade Commission |
| - 公害等調整委員会 | Environmental Dispute Coordination Commission |
| - 統計局・統計センター | Statistics Bureau & Statistics Center |
| - 郵政事業庁 | Postal Services Agency |
| - 消防庁 | Fire and Disaster Management Agency |
| - 総務省行政評価局 | -- |
| 法務省 | Ministry of Justice |
| - 公安調査庁 | Public Security Investigation Agency |
| - 法務総合研究所 | |
| 外務省 | Ministry of Foreign Affairs of Japan |
| 財務省 | Ministry of Finance |
| - 印刷局 | Printing Bureau, Ministry of Finance |
| - 造幣局 | Mint Bureau |
| 財務局 | Ministry of Finance Local Finance Bureaus |
| - 関税 | Japan Customs |
| - 国税庁 | National Tax Agency |
| 文部科学省 | Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology |
| - 文化庁 | Agency for Cultural Affairs |
| 厚生労働省 | Ministry of Health, Labour and Welfare |
| - 社会保険庁 | Social Insurance Agency |
| - 厚生労働省検疫所 | Ministry of Health, Labour and Welfare Quarantine Station |
| 農林水産省 | Ministry of Agriculture, Forestry and Fisheries of Japan |
| - 食糧庁 | Food Agency |
| - 林野庁 | Forestry Agency |
| - 水産庁 | Fisheries Agency |
| - 動物衛生研究所 | National Institue of Animal Health |
| - 農林水産省動物検疫所 | Animal Quarantine Service Ministry of Agriculture, Forestry and Fisheries |
| - 農林水産省植物防疫所 | Plant Protection Station |
| - 農林水産研究WWWサーバ | Agriculture, Forestry and Fisheries Research Web Server |
| - 農林水産省図書館 | MAFF Library |
| 経済産業省 | Ministry of Economy, Trade and Industry |
| - 資源エネルギー庁 | Agency for Natural Resources and Energy |
| - 中小企業庁 | Small and Medium Enterprise Agency |
| - 特許庁 | Japan Patent Agency |
| - 経済産業研究所 | Research Institute of Economy, Trade and Industry |
| 国土交通省 | Ministry of Land, Infrastructure and Transport |
| - 気象庁 | Japan Meteorological Agency |
| - 海上保安庁 | Japan Coast Guard |
| - 国土技術政策総合研究所 | National Institute for Land and Infrastructure Management |
| - 国土地理院 | Geographical Survey Institute |
| 環境省 | Ministry of the Environment |
[国会]
| 衆議院 | House of Representatives |
| 参議院 | House of Councellors |
| 国立国会図書館 | Japan National Diet Library |
[裁判所]
| 最高裁判所 | Supreme Court of Japan |
[会計監査院]
| 会計監査院 | Board of Audit |
[中央銀行]
| 日本銀行 | Bank of Japan |
[研究施設]
| アジア経済研究所 | Institute of Developing Economies |
| 宇宙開発事業団
→ 宇宙航空研究開発機構 | National Space Development Agency of Japan |
| 宇宙航空研究開発機構 | Japan Aerospace Exploration Agency |
| 岡崎国立共同研究機構 | Okazaki National Research Institutes |
| 海上技術安全研究所 | National Maritime Research Institute |
| 海洋科学技術センター | Japan Marine Science & Technology Center |
| 科学技術振興事業団 | National Science and Technology Corporation |
| 科学警察研究所 | National Research Institute of Police Science, Japan |
| 核燃料サイクル開発機構 | Japan Nuclear Cycle Development Institute (JNC) |
| 感染症情報センター | Infectious Disease Surveillance Center (IDSC) |
| 基礎生物学研究所 | National Institute for basic biology |
| 競走馬総合研究所 | Equine Research Institue |
| 建築研究所 | Building Research Institute (BRI) |
| 航空宇宙技術研究所 | National Aerospace Laboratory of Japan |
| 港湾空港技術研究所 | Port and Airport Research Institute |
| 国土交通省気象庁気象研究所 | Meteorological Research Institute |
| 国立遺伝学研究所 | National Institute of Genetics |
| 国立医薬品食品衛生研究所 | National Institute of Health Sciences |
| 国立健康・栄養研究所 | National Institute of Health and Nutrition |
| 国立感染症研究所 | National Institute of Infectoius Diseases |
| 国立がんセンター | National Cancer Center |
| 国立教育政策研究所 | Nationaal Institute for Educational Policy Research |
| 国立極地研究所 | National Institute of Polar Research |
| 国立国語研究所 | National Institute for Japanese Language |
| 国立社会保障・人工問題研究所 | National Institute of Population and Social Security Research |
| 国立情報学研究所 | National Institute of Informatics |
| 国立長寿医療研究センター | National Institute for Longevity Sciences |
| 国立天文台 | National Astronomical Observatory |
| 国立保健医療科学院 | National Institute of Public Health |
| 産業医学総合研究所 | National Institute of Industrial Health |
| 産業技術総合研究所 | National Institute of Advanced Industrial Science and Technology |
| 新エネルギー・産業技術総合開発機構 | New Energy and Industrial Technology Development Organization |
| 情報処理推進機構 | Information-Technology Promotion Agency |
| 情報通信研究機構 [独] | National Institute of Information and Communications Technology |
| 水産総合研究センター | Fisheries Research Agency |
| 通信総合研究所 | Communications Research Laboratory |
| 通信・放送機構 | Telecommunications Adancement Organization of Japan |
| 動物衛生研究所 | National Institute of Animal Health |
| 土木研究所 | Public Works Research Institute |
| 農林水産消費技術センター | Center for Food Quality, Labeling and Consumer Services |
| 物質・材料研究機構 | National Institute for Materials Science |
| 分子科学研究所 (岡崎国立共同研究機構) | Institute of Molecular Science (Okazaki National Research Institutes) |
| 兵庫県立高齢者脳機能研究センター | Hyogo Institute for Aging Brain and Cognitive Disorders |
| 放射線医学総合研究所 [独] | National Institute of Radiological Sciences [NIRS] |
| 北海道環境科学研究センター | Hokkaido Institute of Environmental Sciences |
| 理化学研究所 | Institute of Physical and Chemical Research |
| 和歌山県工業技術センター | -- |
[医療機構]
| 愛知県がんセンター | Aichi Cancer Center |
| 医薬品医療機器総合機構 | Pharmaceuticals and Medical Devices Agency, Japan |
| 医薬品副作用被害救済 ・研究振興調査機構 | Organization for Pharmaceutical Safety and Research |
| エイズ治療・研究開発センター
(国立国際医療センター 戸山病院) | -- |
| 海外勤務健康センター | Japan Overseas Health Administration Center |
| 国立がんセンター | National Cancer Center |
| 国立国際医療センター | International Medical Center of Japan |
| 国立障害者リハビリテーションセンター | National Rehabilitation Center for Persons with Disabilities |
| 国立循環器病センター | National Cardiovascular Center |
| 国立精神・神経センター | National Center of Neurology and Psychiatry |
| 国立長寿医療センター | National Center for Geriatrics and gerontology |
| 国立病院機構 | National Hospital Organization |
| - 岩国医療センター | Iwakuni Clinical Center |
| - 嬉野医療センター(うれしの) | Ureshino Medical Center |
| - 大阪医療センター | National Osaka Hospital |
| - 九州医療センター | Kyushu Medical Center |
| - 国立感覚器センター | -- |
| - さいがた病院 | National Saigata Hospital |
| - 四国がんセンター | Shikoku Cancer Center |
| - 西新潟中央病院 | National Nishi-Niigata Central Hospital |
| 市立宇和島病院 | -- |
| 千葉県がんセンター | Chiba Cancer Center |
| 福祉医療機構 | Welfare And Medical Service Agency |
[その他]
| エル・ネット・システム | -- |
| オープンガバメントラボ | Japanese Open Government Portal |
| 科学技術振興事業団 | Japan Science and Technology Corporation |
| 金属鉱業事業団 | Metal Mining Agency of Japan |
| 国民生活センター | National Consumer Affairs Center of Japan |
| 国立教育政策研究所 | National Institute for Educational Policy Research |
| 国立少年自然の家 | -- |
| 国立職業リハビリテーションセンター | National Vocational Rehabilitation Center for Persons with Disabilities |
| 国立成育医療センター | National Center for Child Health and Development |
| 国立青少年教育振興機構 [独] | National Institution for Youth Education |
| 雇用･能力開発機構 | Employment and Human Resources Development Organization of Japan |
| 産業基盤整備基金 | Industrial Structure Improvement Fund |
| 社会福祉・医療事業団 | -- |
| 首都高速道路公団 | Metropolitan Expressway Public Corporation |
| 種苗管理センター (農林水産省) | National Center for Seeds and Seedlings |
| 地震調査研究推進本部 | Headquarters for Earthquake Research Promotion |
| 情報処理推進機構 [独] | Information-Technology Promotion Agency |
| 女性と仕事の未来館 | Center for the Advancement of Working Women |
| 水産研究・教育機構 [国立研究開発法人] | Japan Fisheries Research and Education Agency |
| 製品評価技術基盤機構 | National Institute of Technology and Evaluation |
| 生物多様性センター (環境省) | Biodiversity Center of Japan |
| 大学評価・学位授与機構 | National Institution for Academic Degrees |
| 地域振興整備公団 | Japan Regional Development Corporation (JRDC) |
| 中小企業総合事業団 | Japan Small and Medium Enterprise Corporation |
| 電子政府の総合窓口 | -- |
| 日本科学未来館 | National Museum OF Emerging Science and Innovation |
| 日本学士院 | Japan Academy |
| 日本学術会議 | Science Council of Japan |
| 日本私立学校振興・共済事業 | Promotion and Mutual Aid Corporation for Private Schools of Japan |
| 日本専門医制評価・認定制機構 | Japanese Board of Medical Specialties |
| 日本体育・学校健康センター | National Stadium and School Health Center of Japan |
| 日本年金機構 | Japan Pension Service |
| 日本貿易振興会 | Japan External Trading Organization (JETRO) |
| ハローワークインターネットサービス | -- |
| 兵庫県立工業技術センター | Hyogo Prefectural Institute of Technology |
| 広島原爆死没者追悼平和祈念館 | Hiroshima National Peace Memorial Hall for the Atomic Bomb Victims |
| 山梨県工業技術センター | Yamanashi Prefectual Industrial Technology Center |
| 労働安全衛生総合研究所 [独] | National Institute of Occupational Safety and Health |
| 労働者健康福祉機構 | Japan Labour Health and Welfare Organization |